Los indios Carijós de la nación Tupí-guaraní fueron los primeros habitantes de la región de Florianópolis. Los trazos de su presencia son constatados a través de sitios arqueológicos y sambaquis con registros de hasta 4000 años. Los indios llamaban el local de Meiembipe o montaña a lo largo del canal.
Alrededor del año 1514, los portugueses aportaron y dieron a la región el nombre de Isla de los Patos, sin embargo este bautizo fue suplantado por los españoles que, notando el desinterés de Portugal por la región, decidieron investir en la conquista del Atlántico Sur y en 1526 rebautizaron el local con el nombre de Isla de Santa Catarina.
La región servía apenas para que las embarcaciones que se dirigían a la Bacía de la Plata, en ella abastecieran sus navíos.
De esa manera, la población oficial de la isla empezó en 1673 con la llegada de la empresa agrícola del bandeirante Francisco Dias Velho y continuó en 1678 con la construcción de una capilla consagrada a Nuestra Señora del Destierro. En ese momento una villa comenzó a tomar forma, adquiriendo poco a poco un aspecto colonial.
Para garantizar su dominio, la Corona Portuguesa elevó en 1714 la Isla de Santa Catarina a la categoría de feligresía con el nombre de Nuestra Señora del Destierro, y ya en 1726 la elevaron nuevamente, esta vez a la categoría de Villa.
A partir de esta fecha, la Villa del Destierro, y principalmente el puerto desterrense, pasó a tener una función estratégica, pues se hallaba a medio camino entre Rio de Janeiro y Buenos Aires, consideradas en la época las dos mayores ciudades litorales del lado atlántico de América del Sur. Por este motivo, en 1738 fue criada la Capitanía de la Isla de Santa Catarina y comenzó a ser erigido el más expresivo conjunto defensivo costero del sur de Brasil. Fueron construidas las fortalezas de Santa Cruz, San José da Ponta Grossa, San Antonio y de Nuestra Señora de la Concepción de la Barra del Sur.
Con el adviento de la capitanía, la población empieza a aumentar. Sin embargo, el gran salto poblacional sucede entre 1747 y 1756 con la llegada de cerca de 6000 colonizadores procedentes del Archipiélago de las Azores y de la Isla de Madeira. Con esta ocupación azorana ocurre el desarrollo de la agricultura, de la industria manufacturera de algodón y lino, y del comercio.
En 1823, aún en periodo monárquico, Destierro se convirtió en capital de la provincia de Santa Catarina, abriendo un periodo de prosperidad con muchas obras urbanas y también con una intensa organización política.
Al principio de la República brasilera, elites regionales inconformadas con la centralización del gobierno, deflagran la Revuelta Federalista. El movimiento que comenzó en Rio Grande do Sul, se esparció por Santa Catarina y convirtió a Destierro en capital federalista de la República. El entonces presidente de Brasil, Mariscal Floriano Peixoto, conocido como Mariscal de Fierro, sofoca la rebelión y manda fusilar a muchas personas, consideradas enemigas, en la fortaleza de la isla de de Anhatomirim. Para mostrar lealtad al mariscal, fue aprobado en 1894 el cambio de nombre de la capital del estado, que pasó de Destierro a Florianópolis; o sea, ciudad de Floriano.
Sin embargo, hoy el nombre de Florianópolis se desvinculó completamente de su origen, sintetizando en su esencia la belleza, paz y armonía. En Florianópolis, la capital con mejor calidad de vida de Brasil, lo moderno se une a lo histórico, y ambos, aliados a la naturaleza preservada, componen un escenario pleno de emoción y armonía.